Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Maahad Muar terletak di No 97,Jalan Junid, Muar kira-kira 2 kilometer dari Bandar Muar(Maharani). Sejarah awal penubuhan sekolah ini bermula pada tahun 1942 atas persetujuan keluarga Allahyarham Haji Mohd Khatib bin Haji Shahid mewakafkan wang sebanyak RM10,000 untuk membina sebuah sekolah Arab. Pada tahun1950, sebuah jawatankuasa bernama 'Lujnah' telah ditubuhkan untuk membina sekolah ini dan dikenali sebagai 'Al-Maahad Ad-dini Al-Arabi Muar'
Setelah beroperasi selama 3 tahun di bawah ‘Lujnah’ Muar, ianya mula menghadapi pelbagai masalah terutama masalah kewangan. Pada 1 Januari 1966, 'Lujnah' tersebut bersetuju menyerahkan sekolah ini kepada Jabatan Agama dengan nama ' Maahad Muar'. Pada tahun 1972, Jabatan Agama telah membina sebuah bangunan tambahan bagi Maahad ini. Tuntutan dan desakan semasa, akhirnya atas persetujuan semua pihak, sekolah ini diserahkan kepada Kementerian Pelajaran Malaysia dan diletakkan di bawah perhatian khas Bahagian Pendidikan Islam. Kemudian sekolah ini bertukar nama menjadi Sekolah Menengah Kebangsaan AgamaMaahad Muar (SMKA Maahad Muar). Dengan itu, bertukarlah kurikulum sekolah dimana mata pelajaran akademik sepenuhnya diperkenalkan.
Pada dasarnya, sekolah ini adalah sama dengan sekolah menengah kebangsaan lain yang wujud di negeri ini. Walaupun begitu, sekolah ini mempunyai keistimewaannya yang tersendiri iaitu memberi peluang kepada pelajar-pelajarnya mengambil mata pelajaran Bahasa Arab Komunikasi dan Bahasa Arab Tinggi. Kedua-dua mata pelajaran ini wajib lulus dalam peperiksaan awam. Keisitimewaan lain dan menjadi matlamat sekolah ini ialah corak pendidikan adalah mengikut falsafah yang berorientasikan pendidikan Islam.
